Přerovský rodák a odchovanec odstartoval kariéru ve čtyřech letech. Za A-tým Zubrů začal nastupovat v druholigové sezoně 2013/14. Premiérový start si připsal ještě jako junior téměř před devíti lety – ve středu 23. října roku 2013. Modrožlutí se tehdy představili v Porubě, kde kvůli demolici starého a stavbě nového stadionu našel dočasný azyl Frýdek-Místek. Z Ostravy odjeli s porážkou 2:4. Ve stejném střetnutí si odbyl seniorskou premiéru také Matoušův sourozenec, dvojče Šimon.
„Na zápas proti Frýdku si nepamatuju. Za týden se ale hrálo derby v Prostějově a na to už si vzpomínám. Hned první střídání jsem dostal naloženo v rohu a už jsem chtěl zpátky do juniorky. Zmydlili mě, všechno mě bolelo,“ vybavil si Matouš.
Prvním gólem a zároveň kanadským bodem mezi muži se vysoký útočník blýskl ve třetím zápase čtvrtfinále play-off druhé ligy Východ proti Technice Brno. Psal se první březnový den roku 2014. Zubři po dvou třetinách prohrávali doma s Jihomoravany o gól 1:2. Necelé dvě minuty po začátku třetího dějství ale Kratochvil využil přihrávku od matadora Davida Kudělky a z předbrankového prostoru vyrovnal.
Utkání, ve kterém si už Přerov mohl zajistit postup do semifinále, musely nakonec rozhodnout až samostatné nájezdy. V těch uspěla Technika, která však konec sezony oddálila pouze o jeden zápas. Zubři pod vedením trenérů Vladimíra Kočary a Daniela Faltýnka došli až do finále, ve kterém je čekalo třaskavé hanácké derby proti Prostějovu.
V třetím duelu atraktivní série se prosadil také Kratochvil. Radoval se opět v úvodu poslední dvacetiminutovky. Mezi kruhy se otočil s kotoučem na holi a přesnou střelou švihem vymetl horní roh branky Jestřábů. Regionální bitvu tím notně zdramatizoval, MEO před vyprodanou prostějovskou halou dostal na kontakt. Jednobrankové manko se však hostům dotáhnout nepodařilo a po gólu inkasovaném při hře bez brankáře prohráli 3:5.
Na vyhrané druholigové finále a postup mezi profesionály ale Přerov čekal pouze rok. Kratochvil během základní části památné sezony zaznamenal ve třiceti zápasech čtyři branky a deset asistencí. V play-off pak zasáhl do čtyř utkání, v rozhodující kvalifikaci s Táborem a Sokolovem do dvou duelů. Ve WSM lize – jak zněl tehdejší oficiální název první ligy – poprvé skóroval v únoru 2016 na ledě Kladna. Po necelé čtvrthodině hry se zmocnil kotouče ve středním pásmu a jeho dalekonosný pokus z hranice útočné třetiny propadl gólmanu Mensatorovi do brány.
V roce 2018 se vydal na zkoušku do extraligových Pardubic a v Dynamu si dokázal vybojovat smlouvu. Do elitní soutěže se ale podíval už předtím v barvách Zlína. Úspěch na východě Čech potvrdil také za mateřský klub, kde mohl nadále působit. Ve druhém kole ročníku 2018/19 nasázel v Edenu pražské Slavii hattrick. Zubrům tím vystřílel vítězství 4:2. Premiérového hattricku na seniorské úrovni přitom nedosáhl se svým typickým číslem 96, ale v dresu bratra Šimona. „Bráchovi bych číslo určitě nebral. Ještě se pro mě nestihl vyrobit dres, tak jsem si vzal provizorně jeho. Aspoň mu ho trošku zabíhám,“ vtipkoval před čtyřmi lety.
Oba Kratochvilové pamatují zápasy v jednom útoku. Třeba právě na ledě Slavie předvedli v prosinci 2018 povedenou sourozeneckou kombinaci „já na bráchu – brácha na mě“, která skončila gólem. Zatím nejdůležitější branku za Zubry vsítil Matouš 19. října 2019. V Sokolově sekundu před vypršením třetí třetiny srovnal na 3:3 a poslal zápas do prodloužení.
Jubilejní 300. zápas za MEO mohl „Kraťas“ zaznamenat už dříve, ročník 2019/20 ale strávil v Pardubicích a v partnerském Vrchlabí. Dočká se tak až v sobotu – proti Zlínu. Klubu, kde prošel dorostem, juniorkou a ve třinácti případech naskočil také za A-mužstvo. V Přerově nasbíral během dosavadních 299 startů 40 gólů a 53 asistencí.
„Jako každý hráč jsem zažil krásné chvíle a sezony, kdy se dařilo a udělal se nějaký úspěch. Třeba postup z druhé ligy do první v roce 2015. Byly ale i méně povedené roky, kdy se nedařilo, byli jsme pod tlakem, víc se trénovalo. Všechno to k hokeji patří,“ shrnul s úsměvem Matouš Kratochvil.
